Als in der Pogromnacht am 10. November 1938 die Häuser der jüdischen Familien in Eddersheim überfallen wurden, verwüsteten die Schlägertrupps auch Johannette Kleins Wohnung. In der Schadensmeldung des zuständigen Gendarmeriepostens zwei Tage nach den Ereignissen heißt es lapidar: „Wohnungseinrichtung zum Teil zertrümmert“. Nach diesem Schock war auch Johannette Klein klar, dass sie nicht bleiben konnte. Wenige Wochen später, am 20. Dezember zog sie in das Jüdische Altersheim in Frankfurt in der Wöhlerstraße 6. Später muss sie in das Altersheim in der Hans-Handwerk-Straße 30 umgezogen sein, denn von dort wurde sie schließlich im Jahr 1942 nach Theresienstadt deportiert.

Am 18. August 1942 waren vor allem die Bewohner der jüdischen Altersheime zur Deportation vorgesehen. Mit 81 Jahren blieb es Johannette Klein nicht erspart mit Last- und Leiterwagen zur Großmarkthalle transportiert zu werden wo die Bahnwaggons für die Fahrt in das Ghetto Theresienstadt bereitstanden. Irgendwo auf diesem Transport wird sie unter den rund Tausend Verschleppten ihre Schwester Katharina wiedergetroffen haben, die zuletzt im Jüdischen Altersheim in der Rechneigrabenstraße 18-20 gewohnt hatte. Katharinas Spur verliert sich auf diesem Transport. Auf der eintägigen Bahnfahrt in sengender Hochsommerhitze starben bereits elf Menschen ehe der Zug sein Ziel erreichte. Vielleicht war die 82jährige Katharina unter ihnen, vielleicht starb sie kurz nach der Ankunft. Ihr Tod wurde nicht registriert und im Theresienstädter Gedenkbuch ist ihr Name nicht zu finden.

Johannette Klein überlebte die schrecklichen Lagerbedingungen nur einen Monat. Sie starb am 21. September 1942.